Las Comisiones Pastorales Juveniles son instancias de trabajo pastoral a las que el Consejo Diocesano de la VPJ, les ha encomendado una misión particular. Las comisiones pueden ser creadas, según las necesidades que se presenten, determinadas en discernimiento conjunto del Vicario o Delegados Episcopales y el Consejo Diocesano o Coordinadores Diocesanos.

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Existen comisiones permanentes, que son aquellas que están destinadas a trabajar por una necesidad que está siempre presente en la Pastoral Juvenil Diocesana. Actualmente, existen 6 comisiones permanentes (Peregrinación juvenil, Comunidades de Vida Juvenil, Misión ¡Alégrate!, Comunicaciones, Eco-Misión y Asesores Adultos), y los coordinadores de cada una, forman parte del Consejo Diocesano de la VPJ.

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Por otra parte, pueden existir comisiones extraordinarias, las que están destinadas a cumplir una tarea determinada por un tiempo específico. Los coordinadores de una comisión extraordinaria no forman parte del Consejo Diocesano de la VPJ. Esto no significa que cumplirán la función encomendada por el Consejo Diocesano de la VPJ de forma autónoma, pues el Vicario o Delegados Episcopales y los Coordinadores Diocesanos, estarán en constante diálogo con ellos. Además, en la medida que sean convocados, los coordinadores de las comisiones extraordinarias, participarán en las sesiones del Consejo Diocesano de la VPJ.